澳门科技大学创建于2000年，位于澳门氹仔，学校校园面积21公顷，是澳门规模最大的综合性大学。

　　2000年3月，澳门特区政府行政长官何厚铧颁布命令成立澳门科技大学。

　　2001年，澳门科技大学获得中国教育部的批准，向内地招生。

　　2006年，澳门科技大学基金会负责管理澳门科技大学。同年，成立澳门科技大学医院(科大医院)和药物及健康应用研究所。

　　2007年，澳门科技大学成立国际旅游学院。

　　2008年，澳门科技大学成立健康科学学院与人文艺术学院

　　2010年，澳门科技大学举行十周年庆典，国际小行星命名委员会批准，将编号200003号的小行星命名为“澳科大星”。同年，成立太空科学研究所。

　　2011年，澳门科技大学获科技部批准，成立中药质量研究国家重点实验室。同年，与美国安捷伦科技有限公司成立液相色谱/质谱联合实验室。

　　2012年，澳门科技大学与呼吸疾病国家重点实验室成立粤澳呼吸道病原体联合研究中心。同月，国际旅游学院更名为澳门科技大学酒店与旅游管理学院。

　　2014年，澳门科技大学行政与管理学院更名为澳门科技大学商学院。6月，成立澳门系统工程研究所。11月，成立澳门科技大学-中国科学院月球与行星科学重点实验室，这是中国科学院在境外设立的第一个重点伙伴实验室。

　　2015年，澳门科技大学成立澳门环境研究院。

　　2016年，澳门科技大学与中国科学院生态环境研究中心成立澳门环境科学与环境管理实验室。9月，成立澳门智慧城市研究院。12月，诺贝尔生理学或医学奖得主埃尔文·内尔加入澳科大并成立“埃尔文⋅内尔博士生物物理与中医药研究室”。

　　2017年，澳门科技大学通过国际高等教育学术评鉴机构—英国高等教育质量保证局(Quality Assurance Agency for Higher Education，QAA)的全面认证(IQA)。

　　2018年，澳门科技大学成立四个教育部研究基地：与复旦大学成立澳门传媒研究中心，与中国海洋大学成立澳门海洋发展研究中心，与中南财经政法大学成立澳门知识产权研究中心，与广州中医药大学成立中医药防治肿瘤转化研究室。7月，获科技部批准，成立月球与行星国家重点实验室。9月，与下一代互联网国家工程中心成立下一代互联网国际研究院。11月，与中国社会科学院成立人文社科唐廷枢研究中心;同月，与香港大学等成立粤港澳空间科学联盟。

　　2019年1月，澳门科技大学与香港理工大学等成立粤港澳物流与供应链创新联盟。3月，健康科学学院更名为澳门科技大学医学院。

　　2019年5月，澳门科技大学与珠海市人民政府签署框架合作协议，并在广东珠海市设立澳门科技大学珠海研究院。珠海市人民政府与澳门科技大学在人才引进、人才联合培养、科技成果转化等方面开展深度合作，推动珠澳合作深化和融合发展。

　　2019年7月，与北京大学等成立中国高校行星科学联盟。10月，与香港科技大学等成立粤港澳高校研究生教育联盟。11月，与里斯本大学等成立世界葡语系国家医学院大联盟。12月，与中山大学共建南方海洋科学与工程广东省实验室;同月，获国家航天局批准，成立澳门太空探索与科学中心。

　　2020年5月18日，澳门科技大学与中国银行举行签署仪式，成立澳门金融科技创新研究院。

　　2020年7月23日，澳门科技大学深度参与的中国第一次火星探测任务“天问一号”探测器，在文昌航天发射中心发射。

　　2020年11月13日，澳门科技大学与青岛市人民政府战略合作签约仪式在青岛举行。青岛市人民政府与澳门科技大学在人才引进、人才联合培养、科技成果转化、共建研究院等方面开展深度合作。